Segundo o Prof. Dr. Rubens Madi, pesquisador do Programa de Pós-graduação em Saúde e Ambiente (PSA/UNIT) e representante institucional, as principais pautas atuais e futuras do CBHSF englobam a ampliação da discussão em relação ao “Pacto das Águas” que abrange a recuperação hidroambiental, a elaboração e implantação dos planos municipais de saneamento básico e o plano de recursos hídricos, além do fortalecimento do Fórum de Pesquisadores da Bacia do São Francisco.
O CBHSF é um órgão colegiado, integrado pelo poder público, sociedade civil e empresas usuárias de água, que tem por finalidade realizar a gestão descentralizada e participativa dos recursos hídricos da bacia, na perspectiva de proteger os seus mananciais e contribuir para o seu desenvolvimento sustentável. A atual gestão do CBHSF tem vigência de 04 anos e será entre os anos de 2016 e 2020. As principais ações do CBHSF estão voltadas à implementação e acompanhamento da Política de Recursos Hídricos com relação as regras de conduta em favor dos usos múltiplos das águas nas regiões do Alto, Baixo, Médio e Submédio São Francisco.